La historia del Museo de Torcello empieza en el 1870 cuando el prefecto Luigi Torelli adquirió el Palacio del Consejo para recojer las antigüedades que se han encontrado en la Isla de Torcello, en las islas cercanas y en la tierra firme. En el 1872 Luigi Torcelli dio el palacio a la Provincia de Venecia, que fue convertido en el Museo Provincial con la dirección del investigador y estudioso Cav. Nicoló Battaglini. En el 1887 Cesare Augusto Levi siguió recojendo objetos antiguos de la isla y alrededor y también aquellos recogidos en sus viajes, sobre todo en Roma. En 1887 él adquirió el Palacio del Archivo, después llamado el Museo del Estuario, renovado para incluir las collectiones archeológicas. El Museo pasó a ser propriedad de la Provincia de Venecia y en el 14 de majo el Museo Provincial fue inaugurado. En 1909 Luigi Conton, descubridor de la necrópolis de Adria, sucedió en la dirección del museo, integrando las collectiones con otros objetos antiguos. Entre el 1928 y 1930, Adolfo Callegari, fue nombrado nuevo director hasta el 1948. El es responsable de interventos de inventario, catalogación, restauración y la publicación en 1930 del catálogo El Museo de Torcello. En 1949 la profesora Giulia Fogolari fue nombrada nuevo director del museo hasta el 1997, con la colaboración del dr Guido Zattera. En 1974, después de la completa renovación del Palacio del Consejo y del material espuesto, la Sección Medieval y Moderna fue inaugurada. En los años seguente también el Palacio del Archivo fue objeto de una importante restauración y de un nuevo montaje de exposición, que permitió de abrir la sección archeológica en el verano de 1990.