Il Museo di Torcello si articola in due sezioni: la sezione medievale e moderna e la sezione archeologica.
Nella Sezione Medievale e Moderna sono conservati reperti paleocristiani, altomedievali e medievali, la cui provenienza da Torcello e dalle isole che la circondano è, per la gran parte praticamente accertata.
La Sezione Archeologica ospita reperti rinvenuti in area veneta e nel territorio lagunare, nonché materiali di varia provenienza tra i quali una serie di statuette egizie, coprendo un arco cronologico che va dal paleolitico alla tarda romanità.